Muzej u Kninu počeo je raditi 1969. g. pod nazivom Zavičajni muzej Kninske krajine. Odlukom Gradskog vijeća od 19. studenog 1997. dobiva današnji naziv. Muzej se nalazi na kninskoj tvrđavi. Muzejsku djelatnost obuhvaća skupljanje, čuvanje i istraživanje civilizacijskih, kulturnih i prirodnih dobara te njihovu stručnu i znanstvenu obradu i sistematizaciju u zbirke, trajno zaštićivanje muzejske građe, muzejske dokumentacije, muzejskih lokaliteta i nalazišta, njihovo neposredno i posredno predočavanje javnosti putem stalnih i povremenih izložbi, te objavljivanje podataka i spoznaja o muzejskoj građi i muzejskoj dokumentaciji putem stručnih, znanstvenih i drugih obavijesnih sredstava. Osnovna djelatnost Muzeja ostvaruje se putem navedenih aktivnosti, a obuhvaća i građu koju čine predmeti i ostali materijali s područja arheologije, etnologije, kulturne povijesti, povijesti, likovnih umjetnosti i prirodnih znanosti.
Muzej u svom radu obavlja i dopunsku djelatnost:
provodi znanstvenoistraživačke radove na području svoga djelovanja,
poboljšava znanstveni rad radi rješavanja arheološke, etnološke, kulturno-povijesne, povijesne, likovne i prirodoslovne problematike,
prezentira svoju građu i rezultate istraživanja u stručnim i znanstvenim publikacijama i sl.
prodaje razglednice, suvenire, prospekte, vodiče i publikacije o predmetima ili spomenicima koji potječu s terena djelovanja Muzeja ili se nalaze na njemu.
Kninski muzej upravlja kninskom povijesnom cjelinom - Tvrđavom, Podgrađem i neistraženom arheološkom zonom brda Spas.